Geleneksel gıdalardan izole edilen bazı laktik asit bakterilerinin genotipik tanımlanması, antimikrobiyal direnç, ekzopolisakkarit ve bakteriyosin üreten genlerinin araştırılması

ALİ ÖZCAN

Geleneksel gıdalardan izole edilen bazı laktik asit bakterilerinin genotipik tanımlanması, antimikrobiyal direnç, ekzopolisakkarit ve bakteriyosin üreten genlerinin araştırılması

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Bursa Uludağ Üniversitesi, SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, VETERİNER-GIDA HİJYENİ ve TEKNOLOJİSİ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ALİ ÖZCAN

Danışman: Artun Yıbar

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Çalışmada, Laktik Asit Bakterileri'nin (LAB) bazı genetik özellikleri incelenerek starter kültür seçimine katkı sağlanması amaçlandı. Çalışma kapsamında, ISO 15214 standardında belirtilen yöntemlere göre tanımlanmış 50 LAB suşu, doğrulama amaçlı olarak MALDI-TOF MS ve Ribotiplendirme yöntemleri kullanılarak yeniden tanımlamaları yapıldı. NGS tekniği ile sekans analizleri gerçekleştirildi ve elde edilen ham verilerin FastQC aracı ile kalite kontrolleri yapıldı. Bu kontroller sonrasında seçilen 35 adet suşun gen annotasyonları Geneious Prime 2022.1.0 programı kullanılarak yapıldı. Web tabanlı NCBI AMRFinder, BAGEL4 ve antiSMASH araçları kullanılarak, antibiyotik direnç gen bölgeleri, bakteriyosin ve ekzoselüler polisakkarit (EPS) üreten gen bölgeleri tespit edildi. Çalışmada yer alan Enterococcus faecium izolatlarında aminoglikozid, MLSB ve vankomisin direnç genlerinin yaygın olduğu bulundu. Özellikle SY16 suşunda vanC ve vanD tipi vankomisin direnç genlerinin bulunması, bu suşun nadir bir genotip olduğunu göstermektedir. Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus izolatlarında aacA-ENT1, eat(A), msr(C), tet(A)(60) ve vanR-N genleri tespit edildi. Streptococcus thermophilus izolatlarında ise lmo0919, tet(B)(60) ve vanT-Cd genleri bulundu. Bu genler linkozamid, tetrasiklin ve vankomisin direnci hakkında fikir verdi. Ayrıca, S. thermophilus izolatlarının daha geniş bir bakteriyosin gen çeşitliliğine sahip olduğu belirlendi. Bu türde mutacin IV, bovicin 255, streptide ve thermophilin A/B gibi bakteriyosinler tespit edildi. L. delbrueckii subsp. bulgaricus izolatlarında Enterolysin A geni yaygınken, E. faecium izolatlarında Enterocin A, Enterocin P ve Enterolysin A genleri bulundu. EPS üretimi ile ilişkili olarak, E. faecium, S. thermophilus ve L. delbrueckii subsp. bulgaricus izolatlarında çeşitli gen bölgeleri tespit edildi. LAB türlerinin antibiyotik direnci, bakteriyosin ve EPS üretim potansiyelinin belirlenmesi için bu alanlarda derinlemesine daha fazla çalışma faydalı olacaktır.