Hücre kültürü hatlarında çapraz ve mikoplazma kontaminasyonunun yeni bir str fragman analiz yöntemi ile belirlenmesi

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Bursa Uludağ Üniversitesi, SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ADEM ALEMDAR

Danışman: Şehime Gülsün Temel

Özet:

Bilim dünyası için tekrar edilebilirlik, araştırmaların doğruluğunu ve güvenilirliğini sağlamak hayati önem taşımaktadır. Ancak, hücre kültürü çalışmaları özelinde yapılan araştırmalar, çapraz ve mikoplazma kontaminasyonları gibi tekrar edilebilirlik risklerinin bulunduğunu ortaya koymaktadır. Bu riskler, bilim insanlarının araştırmalarının doğruluğunu etkileyebilmekte ve sonuçta kanser gibi hastalıkların tedavisi, ilaç ve aşı üretimi gibi önemli konularda çözümlerin bulunmasını geciktirebilmektedir. Bu nedenle, araştırmaların tekrar edilebilirliği konusu, bilim topluluğu tarafından ciddi bir şekilde ele alınmaktadır. ICLAC (International Cell Line Authentication Committee) gibi uluslararası komiteler ve NIH (National Institutes of Health) gibi araştırma fonu sağlayıcıları, hücre hatlarının doğrulanması için rutin testler yapılmasını önermekte veya zorunlu tutmaktadır. Ancak, ülkemizde araştırma fonları için hücre hatlarının test edilmesi adına henüz bir düzenleme bulunmamakla birlikte, ülkemiz araştırmacıların da bu konuda bilgi ve farkındalıklarının düşük olduğu görülmektedir. Bu tez çalışmasının amacı, hücre kültürü çalışmalarında çapraz ve mikoplazma kontaminasyonlarının aynı anda belirlenmesi için yeni bir protokol geliştirmektir. Bu amaç ile, uluslarası standartları sağlayacak hassaslık, seçicilik ve spesifiteye sahip bir STR (Short Tandem Repeat) protokolünün ve aynı metodoloji ile numune içerisindeki mikoplazma varlığını ortaya koyacak kombine bir çapraz ve mikoplazma test için gerekli parametrelerin belirlenmesi ve optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Optimizasyonu yapılan panelin mikoplazma ve allel belirlemede yüksek hassaslığa (7,81 piko gram DNA), insan örneklerinde spesifiteye, karışım örneklerinde yüksek ayrım gücüne, mevcut STR kitleri ile yüksek uyumluluğa, boyut ayrımında yüksek keskinliğe, farklı DNA polimerazlar ve genetik analiz cihazlarıyla da çalışabilme özelliklerine sahip olduğu gösterilmiştir. Oluşturulan bu panel ile ülkemiz araştırmacılarına hücre doğrulama ve mikoplazma tespiti için uygun maliyetli ve hızlı bir metot ile araştırmalarında fayda sağlanabilecektir.