Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Uludağ Üniversitesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: KÜBRA YILMAZ
Danışman: AHMET İPEK
Özet:Bu araştırmada zeytin bitkisinin Yeni Nesil Sekanslama ile DNA dizilemesi sonrası SNP moleküler işaretleyicilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada Gemlik ve Edincik Su zeytin çeşitleri ve bunların 121 adet melezi kullanılmıştır. Bu bitkilerden yaprak örnekleri alınmış ve DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Herbir ebeveyn ve 121 adet melez bitkiden 50 ng DNA örneği GBS analizi için Wisconsin Universitesi Biyoteknoloji Laboratuvarı'na gönderilmiştir. ApeKI retriksiyon enzimi ile kesilerek DNA parçalarına adaptörler ve barkod nükleotidler eklendikten sonra bu DNA parçalarının nükleotid dizileri Illumina HiSeq 2000 (Illumina, San Diego, CA) cihazı kullanılarak belirlenmiştir. DNA parçalarına ait SNP moleküler işaretleyicileri 'Stacks' bilgisayar programı kullanılarak tespit edilmiştir. Elde edilen SNP moleküler işaretleyicileri arasındaki genetik bağlantı 'JoinMap 3.0' programı kullanılarak belirlenmiştir. Oluşturulan genetik bağlantı haritasında 25 adet Bağlantı Grubu (LG) belirlenmiş, sayıları 58 ve 361 arasında değişen ve toplam 5 736 adet SNP moleküler işaretleyicisi harita üzerine yerleştirilmiştir. Bağlantı gruplarının toplam uzunluğu 3 049 cM olarak tespit edilmiştir. Haritanın bütünü ele alındığında moleküler işaretleyiciler arası maksimum mesafe 9 cM, her bir moleküler işaretleyici arasındaki ortalama mesafe 0.61 cM olarak belirlenmiştir. Daha önce zeytin bitkisine ait SNP tabanlı bir genetik bağlantı haritası geliştirilmediğinden yaptığımız çalışma dünya genelinde bir ilk olmuştur. Oluşturulan bu harita önemli ekonomik karakterlerin belirlenmesi amacıyla yapılacak QTL çalışmalarına yardımcı olacaktır.