Sarımsakta (Allium sativum L.) düşük sıcaklıkta depolama uygulamasından farklı etkilenen aday genlerin cDNA-AFLP yöntemi ile belirlenmesi


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Uludağ Üniversitesi, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2011

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ÖZLEM GÜNAYDIN

Danışman: AHMET İPEK

Özet:

Sarımsak (Allium sativum L.) yüzyıllardan beri insan sağlığı açısından önemli kültür bitkilerinden biridir. Kültürü yapılan sarımsak genotipleri genelde çiçeklenmemekte çiçeklenen genotipler ise tohum üretmemektedir. Bu tez çalışmasında, dikim öncesinde dişlerin 4oC'de depolanmasının bitki morfolojisi üzerindeki etkilerinin gözlenmesi ve hangi genleri farklı etkilediğinin cDNA-AFLP yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır.Bitki materyali olarak G1, G2, G3 ve G4 şeklinde adlandırılan dört sarımsak genotipi kullanılmıştır. Bu genotiplerden G1 ve G2 çiçeklenirken, G3 ve G4 çiçeklenmeyen genotiplerdir. Sarımsak genotiplerine ait başların bir kısmı dikim öncesi 4oC'de ve diğer bir kısmı ise 20oC'de, üç ay süre ile depolanmıştır. Depolama öncesinde ve depolama sonrasında dişlerden büyüme meristemi örnekleri alınırken; bitkiler 3-4 yaprak aşamasındayken ve bitkiler 7-9 yaprak aşamasındayken ise büyüme meristemi, yaprak, çiçek sürgünü, çiçek sapı örnekleri alınmıştır. Dört farklı gelişme döneminde alınan toplam kırk dört örnek arasında farklı ifade olan genler cDNA-AFLP yöntemi ile yirmi primer kombinasyonu denenerek belirlenmiştir.Çalışmada elde edilen bulgulara göre, 4oC'de depolanan sarımsak dişlerinin 20oC'de depolanan sarımsak dişlerine göre daha önce sürdüğü belirlenmiştir. Ayrıca 4oC'de depolanan sarımsak genotiplerinin dişlerinden gelişen bitkiler, 20oC'dekilere göre çok daha hızlı ve sağlıklı bir gelişme göstermiştir. 20oC'de depolanan sarımsak genotiplerinin dişlerinden gelişen bitkilerde virüs semptomuna benzeyen, düzgün olmayan bir görünüm gözlenmiştir. Buna ek olarak, 4oC'de depolanan dişlerden elde edilen bitkilerde baş oluşumunun daha erken başladığı tespit edilmiştir. Bütün genotiplerde; 4oC'de üç ay süre ile depolanan dişlerden gelişen bitkilerin ortalama yaprak sayısı, ortalama yalancı gövde uzunluğu (cm) ve ortalama yalancı gövde çapının (mm) 20oC'de depolanan dişlerden gelişen bitkilerin ortalamalarından daha fazla olduğu saptanmıştır.cDNA-AFLP analizlerinde yirmi primer kombinasyonundan elde edilen bulgulara göre değerlendirilen 451 banttan 352 tanesi polimorfik, 99 tanesi ise dört genotipte dört farklı örnekleme aşamasında sürekli olarak ifade olan genleri göstermektedir. XabICC-MseICAT primer kombinasyonundan belirlenen bir bant, dişleri düşük sıcaklıkta depolanan bütün genotiplerin meristemlerinde ifade olurken aynı genotiplerin oda sıcaklığında depolanmış dişlerden elde edilen meristemlerde görülmemiştir. Bu bantın dizi analizi yapılmış ve NCBI gen bankasında yapılan BLAST analizinde thiamin biyosentezinde görev yapan bir protein olduğu belirlenmiştir.Sonuç olarak, sarımsak başlarının dikim öncesi düşük sıcaklıkta depolanması, dikimden sonra sarımsak bitkisinin gelişimini olumlu etkilediği gözlenmiştir. Yapılan cDNA-AFLP analiziyle ise dikim öncesi düşük sıcaklıkta depolanmasının sarımsakta gen ifade profilini de değiştirdiği belirlenmiştir.