Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Uludağ Üniversitesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ZAFER ATA
Danışman: AYŞE GÜL EYİGÖR
Özet:Bu çalışmanın ilk hedefi, hayvan ve hayvansal kaynaklı gıdalarda Salmonella serotipleri içinde en fazla görülen S. Enteritidis'in hızlı saptama imkanı veren, SE-rPCR yöntemi ile konvansiyonel serotiplendirme sonuçlarını karşılaştırarak, laboratuvar hizmetlerinde kullanma potansiyelini değerlendirmekti. İkinci hedefi ise moleküler tiplendirme metodu olan Multilocus Sequence Typing (MLST) yöntemi ile çalışmada kullanılan Salmonella izolatlarını tiplendirerek, elde edilen sonuçların literatürde ilk kez denenecek olan MLST sonrası yapılan High Resulotion Melting (HRM) analizi sonuçlarıyla karşılaştırmak ve HRM analizinin MLST tiplendirmesinde kullanım olasılığını araştırmaktır. Çalışmada piliç eti, hindi eti, yumurta ve kanatlı orijinli 58 Salmonella izolatı kullanılmıştır. SefB127L ve SefB661R primer çiftlerinin kullanıldığı bir real-time PCR protokolü ilk kez oluşturulmuş ve S. Enteritidis spesifik real-time PCR (SE-rPCR) sonuçları konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile karşılatırıldığında Cohen kappa değeri 0,86 bulunmuştur. Bu sonuç iki test arasında neredeyse mükemmel bir uyum olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada analiz edilen izolatlardan sadece 3 adedinin (izolat no 6, 122 ve 151) MLST veri tabanındaki Sequence Type (ST)'lere %100 benzediği saptanmıştır. Her üç izolatın da ST11'e %100 benzediği tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen izolatların 43 farklı genotipte olduğu belirlenerek, MLST'nin Salmonella enterica tiplendirmesinde çözünürlüğünün çok yüksek olduğu saptanmıştır. MLST yönteminin bir parçası olan DNA dizileri, HRM analizi sonucu, 40 adet birbirinden farklı DNA dizisine ayrılmıştır. HRM analizinin DNA dizi analizi ile aynı sonuçları vermesi nedeni ile sadece HRM analizinin yapılması ile farklı çıkan DNA'ların dizilenmesi sonrası, analiz maliyetinin %83 oranında azaltılacağı belirlenmiştir. SE-rPCR hızlı diagnostik survey ve araştırma çalışmalarında geleneksel serotiplendirme testlerine gereksinimini azaltan, zaman ve maliyet açısından kazanç sağlayan güvenilir bir alternatif metot olarak düşünülmüştür. Buna ek olarak, literatürde ilk kez HRM analizi, MLST ile genotiplendirmede kullanılmış ve HRM kullanımının maliyet düşürücü avantajı ortaya konulmuştur.