Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Uludağ Üniversitesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2015
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SEMA ATIŞ
Danışman: İLKER ERCAN
Özet:Son yıllarda, moleküler biyoloji ve bilişim teknolojisindeki gelişmeler çeşitli canlı türlerinin genomlarının büyük bir kısmının incelenmesine olanak sağlamıştır. Moleküler biyoloji alanında üretilen veriler çok büyük miktarda olduklarından, güncel biyoinformatik çalışmaları genlerin ve proteinlerin yapısal ve işlevsel yönleri ile ilgilenmektedir. Bu çalışmaların çoğu İnsan Genom Projesi ile ilgilidir. Biyoinformatik alanında farklı bilgisayar bilimi teknolojileri ve istatistiksel yöntemler dikkate alınmaktadır. Bu multidisipliner yaklaşım istatistiksel yöntemler, biyoinformatik uygulamaları ve bilgisayar bilimi teknolojileri arasındaki ilişkinin anlaşılmasına olanak sağlamaktadır. Biyoinformatik araçları, mikroarray analizinin gerçekleştirilmesindeki ihtiyaçları karşılamaktadır. Farklı gen ekspresyon analizi ile biyolojik yolakların iç yüzü anlaşılmaktadır ve ileriki hipotez geliştirme için bir platform sağlanmaktadır. Gen ekspresyon verilerini analiz etmedeki esas, ekspresyon modelleri fenotip veya deneysel koşula göre farklılık gösteren genleri saptama ihtiyacıdır. Basit bir mikroarray deneyi iki koşul arasındaki ekspresyon farklılıklarını tespit etmek için gerçekleştirilmektedir. Her bir koşul bir veya daha fazla RNA örneklemi tarafından temsil edilebilmektedir. Mikroarrayler geniş çeşitlilikteki deneysel ortamlarda farklı gen ekspresyonunun tespiti için kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında, Wolfgang Huber ve Robert Gentleman'ın (21) Affymetrix gen çipleri ile yaptıkları deneyde elde edilen gen ekspresyon verileri kullanılmıştır. Çalışmanın amacı ER+ meme kanseri hücrelerindeki östrojen faktörüne yanıt veren genleri tespit etmektir. Östrojen faktörünün yanında zaman faktörü de değerlendirmeye alınarak östrojene erken yanıt veren ve geç yanıt veren genler tespit edilmiştir. Erken yanıt veren genler doğrudan-hedef genler kabul edilmektedir. Geç yanıt veren genler ise büyük bir olasılıkla moleküler yolaktaki akış aşağı hedeflerdir.