Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Uludağ Üniversitesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2015
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BEHİCE ZEREN
Danışman: ELİF DEMİRKAN
Özet:Bu çalışmada Türkiye'nin 30 farklı ilinden temin edilen toprak örneklerinden 300 adet bakteri izole edilmiştir. Bakterilerin morfolojik ve fizyolojik özellikleri incelenmiş ve 236 bakteri Bacillus cinsi olarak tanımlanmıştır. Bütün suşların fitaz aktiviteleri fitaz tarama ortamı (PSM) kullanılarak tespit edilmiş ve açık zonların çapı mm olarak gösterilmiştir. Toplam 19 Bacillus sp. suşu, fıtat parçalayıcı bir enzim olarak bilinen ekstraselüler fitaz üreticisi olarak bulunmuştur. Bu suşlar arasında, en geniş zona (11 mm) sahip 1 adet Bacillus sp. suşu seçilmiş ve Bacillus sp. EBD 9-1 olarak adlandırılmıştır. 16S rRNA dizi analizi sonucunda Bacillus sp. EBD 9-1 suşunun Bacillus megaterium ile %100 benzerlik gösterdiği tespit edilmiş ve yeni izolat Bacillus megaterium EBD 9-1 olarak adlandırılmıştır. Bacillus megaterium EBD 9-1 suşunun fitaz enzim geni E.coli DH5α suşunda klonlanmaya çalışılmıştır. Bacillus megaterium DSM319, Bacillus megaterium QM B1551 ve Bacillus megaterium WSH-002 suşlarının bütün genom sekansı NCBI veri bankasında mevcuttur. Ancak, bu sekansların içinde fitaza ait bir sekans bulunamamıştır. Bu sebeple, farklı Bacillus türlerinin fitaz sekansları hizalanmış ve bir çifti dejenere olmak üzere 2 primer çifti hazırlanmıştır. PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) sonucunda, sadece dejenere primer çiftleri kullanılarak amplifikasyon gerçekleştirilmiş ve üç bant (~900 bp, ~500 bp) görülmüştür. Çoğaltılan bu DNA fragmanları pGEM®-T Easy vektörüne ligasyon ile aktarılmıştır. Rekombinant plazmitlerin E.coli DH5α suşuna transformasyonu sağlanmış ve rekombinant plazmidi içeren saf E.coli DH5α suşunun plazmidleri izole edilmiştir. Klonlanmanın kontrolü için, rekombinant plazmid EcoRI restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesilmiş ve beklenen boydaki bantlar agaroz jel profilinde gözlenmiştir. İzole edilen plazmidler T7 primeri ve ABI PRISM-310 Genetic Analyzer cihazı kullanılarak sekanslamıştır. NCBI data bankası kullanılarak saptanan sekansın literatür analizi yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre 3 DNA fragmanının nükleotit dizisinin fitaz enzimi sekansı ile benzerlik göstermediği belirlenmiştir. Dolayısıyla dejenere primerler ile amplifikasyon sonucunda fitaz geni çoğaltılamamıştır. Ancak, bu yeni izolat literatür için önemlidir. Yeni izole edilen bu Bacillus megaterium EBD 9-1 suşu endüstriyel ölçekte fitaz üretimi büyük bir potansiyele sahip olabilir.