Diversity of the genus Pseudomonas in fish farms in Turkey


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Duman M. , Mulet M., Satıcıoğlu İ. B. , Altun S. , Gomila M., Lalucat J., ...More

XVIII Meeting of the Taxonomy, Phylogeny and Biodiversity Group, Balears, Spain, 21 - 23 October 2020, pp.43-44

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Balears
  • Country: Spain
  • Page Numbers: pp.43-44

Abstract

Pseudomonas es el género que presenta el mayor número de especies dentro de las bacterias Gram negativas. Se distinguen varios grupos filogenéticos, siendo el de Pseudomonas fluorescens el mayoritario. Se ha realizado un estudio de la presencia de especies del género Pseudomonas en centros de acuicultura de Turquía entre los años 2013 a 2018. Se han aislado 90 cepas de Pseudomonas en agar TSA y agar sangre cultivadas a 28 ºC durante 24-48 horas. Los análisis por secuencia del ARN ribosómico 16S indicaron que 51 de los aislados correspondían a especies conocidas del género Pseudomonas. El análisis del gen de la subunidad D del factor sigma 70, rpoD, puso de manifiesto la presencia de posibles nuevas especies. El análisis multigénico de secuencias (MLSA) de los genes ARN ribosómico 16S, gyrB, rpoB y rpoD permitió identificar 51 aislados mayoritariamente dentro del grupo fluorescens: 18 P. haemolytica, 12 P. meridiana, 8 P. lactis, 3 P. migulae, 3 P. weihenstephanensis, 2 P. mandelii, 1 P. fluorescens, 1 P. simiae, 1 P. lurida, 1 P. lundensis y 1 P. proteolytica. Otros 29 aislados presentaron porcentajes entre 90-96 % en el análisis de semejanza de sus secuencias nucleotídicas del gen rpoD, valores por debajo de los valores establecidos para cepas de una misma especie en el género Pseudomonas y que supondrían unas seis posibles nuevas especies. Se han caracterizado taxonómicamente 13 aislados de una de estas posibles nuevas especies. La especie más próxima en el análisis MLSA fue P. baetica (P. koreensis SG) con una similitud del 95.5-95.0%. Los análisis de ácidos grasos son los característicos del género. Los perfiles proteicos por WC-MALDI-TOF MS ubican a los aislados en el subgrupo de P. koreensis. Los análisis genómicos separan estas cepas en dos posibles nuevas especies con valores de ANIb del 94.0-93.7% y GGDC del 58.6 -58.2% entre ambas. Los valores de ANIb y GGDC son de 88.2-88.0 y 36.4-36.7% respectivamente con P. baetica. Se proponen dos nuevas especies: P. anatoliensis, con P9T como representante y P. iridis, con P42T como representante. Estos resultados indican que más de la tercera parte de los aislados corresponden a posibles nuevas especies, indicando que la diversidad en el grupo de P. fluorescens sigue aumentando, pese al gran número de especies que lo componen.