Akademik Veri Yönetim Sistemi
15. Ankara Matematik Günleri, Ankara, Türkiye, 23 - 24 Mayıs 2024, ss.1
Translokatör protein \textit {(TSPO) }geni protein kodlayan bir gendir. \textit {TSPO} dış mitokondriyal zarda bulunarak başlıca beyinde glial hücrelerde eksprese edilir. TSPO proteininin kolesterol taşınması, streoid hormon sentezi, mitokondriyal solunum, tümör oluşumu ve iltihaplanma dahil olmak üzere çeşitli hücresel işlevlere dahil olduğu bilinmektedir. Ayrıca, TSPO proteininin anlatım düzensizliğinin kardiyovasküler hastalık, kanser, nöroinflamatuar, nörodejeneratif, neoplastik bozukluk dahil olmak üzere farklı insan hastalıklarının patolojileri ile de ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Ancak, \textit {TSPO} genindeki dizi varyasyonlarının proteinin fonksiyonuna etkisi ve insan hastalıklarıyla ilişkilerine dair literatürde sınırlı sayıda çalışma vardır.
Genetik varyantların hastalığa sebep olup olmadığının (patojenitesinin) değerlendirilmesi, varyantların fonksiyonel öneminin ve klinik kullanımının önceliklendirilmesi açısından oldukça önemlidir. Bu nedenle, sekans varyasyonların protein fonksiyonları veya gen düzenlenmesi üzerindeki etkilerinin tahmin etmek için farklı algoritmaları birleştiren çeşitli in-silico tahmin araçları geliştirilmiştir, [1]. Bu çalışmada mevcut in-silico tahmin araçlarına bir alternatif elde etmek için Dragovich ve Dragovich tarafından önerilen ve geliştirilen \textquotedblleft genetik kodun modellenmesinde $p$-sel uzaklık'' yaklaşımı ele alındı, [2-3]. Dragovich'in yaklaşımı şöyle ifade edilir: Kodonların 5-sel uzayı inşa edilir ve kodonlar arasında 5-sel ve 2-sel uzaklık göz önüne alınır. Sonuç olarak, aynı amino asite ve durdurma sinyaline kodlanmış 5-sel ve 2-sel uzaklıkta en küçük değere sahip olan iki kodon elde edilir. Bu model genetik kodun dejenerasyonunu iyi bir şekilde tanımlar.
Bu çalışmada in-silico tahmin araçlarından elde edilen veriler birleştirildi ve değişken sınıflandırma ve önceliklendirme için diğer tahmin araçlarıyla Dragovich'in yaklaşımının karşılaştırılması yapılarak potansiyel faydası değerlendirilip \textit {TSPO} geninin SNP'lerini kodlamanın işlevsel uygunluğunu belirlemek için biyoinformatik bir yaklaşım kullanıldı.
[1] Cannon, S., Williams, M., Gunning, A.C., Wright, C.F., Evaluation of in silico pathogenicity prediction tools for the classification of small in-frame indels, BMC Medical Genomics \textbf {16} (2023), 1--9
[2] Dragovich, B., Dragovich, A., p-adic modelling of the genome and the genetic code, The Computer Journal \textbf{53} (2010), 432–442.
[3] Dragovich, B., Khrennikov, A.Y., Misi\v{c}, N.\v{Z}., Ultrametrics in the genetic code and the genome, Appl. Math. Comput. \textbf{309} (2017), 350–358.