Yeni geliştirilen RNA dizileme teknolojileri ile yaklaşık son on yıldır, memeli genomlarının önceden çöp, ‘junk’ DNA olarak görülen kısımlarının aslında aktif olarak RNA’ya dönüştükleri gözlemlenmektedir. Yapılan biyoinformatik analizler ve proteomik çalışmalar, bu RNA ürünlerinin çok büyük bir kısmının proteine dönüşmediğini göstermektedir. Uzun kodlamayan RNA olarak adlandırılan bu sınıftaki genlerin, günümüzde, bilinen genlerden sayıca daha fazla olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu RNA moleküllerinin nasıl üretildikleri ve ne yaptıklarını incelemek, hem genomun nasıl çalıştığını temel bilim düzeyinde anlamak hem de hastalıklara karşı tedavi geliştirmek ve erken teşhiste biyosensör olarak kullanmak için elzemdir. Virüsler, konak canlının mekanizmalarını kullanan organizmalar olarak, bu tür RNA’ları kendi genomlarında barındırır ve proteinler gibi immün sistem gözetimi altında kalmadan görev yapan RNA moleküllerini, hücrenin yolaklarını kendi lehlerine manipüle etmede kullanırlar. Viral hastalıkları moleküler düzeyde anlamanın yanı sıra, virüslerin aşı geliştirmede ve gen terapide vektör olarak kullanılmalarından dolayı viral kökenli RNA’ların fonksiyonlarını araştırmak giderek önem kazanmaktadır. Bu derlemede viral mikroRNA’lar ve halkasal circRNA’lar hariç tutularak, başlıca virüslerin ürettiği kodlamayan RNA’lardan ve hücredeki etki mekanizmalarından bahsedilmiştir. Ayrıca bu tür RNA’ların keşfi, yapısının belirlenmesi, karakterizasyonu ve fonksiyonunun anlaşılması için kullanılan yöntemlere değinilmiştir. Virüslerin konak hücreyi enfekte ederken kullandıkları bu küçük moleküllerin görevlerini ve etkilerini anlamak, bize RNA moleküllerinin düzenleyici ajanlar olarak ne kadar yaygın biçimde kullanıldığını göstermesi açısından önemlidir.