Erken Yaş Alzheimer Hastalarında PSEN1, PSEN2 ve TREM2 Genlerindeki Değişimlerin Heterodupleks ve Sekans Analizi Yöntemleri ile Belirlenmesi

Alemdar A., Eryılmaz I. E., Egeli Ü., Bakar H. M., Çeçener G., Tunca B.

XIV. ULUSAL TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK KONGRESİ, Muğla, Türkiye, 27 - 30 Ekim 2015, ss.350-351

  • Yayın Türü: Bildiri / Özet Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Muğla
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.350-351
  • Bursa Uludağ Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Aile hikayesi pozitif 60 yaş altı bireyleri etkileyen ve genellikle otozomal dominant kalıtım ile karakterize Ailesel Alzheimer hastalığından (Early- Onset Alzheimer Disease, EOAD) PSEN1, PSEN2 ve daha yeni olarak TREM2 genlerindeki mutasyonlar sorumlu tutulmaktadır ancak saptanan mutasyonların klinik etkileri ile ilgili çalışmalar devam etmektedir. Mevcut çalışmamızda 47 EOAD’li hastanın periferik kanından izole edilen genomik DNA’dan PSEN1, PSEN2 ve TREM2 genlerinin heterodupleks ve sekans analizleri değerlendirilmiştir. PSEN1 geninde 4 farklı hastada 2’si novel 3 ekzonik [c.821C>A p.Thr274Lys, c.1091T>C p.Leu364Pro, c.548G>T p.Gly183Val missense varyant (rs63751068)] ve 1 intronik [c.868+16 G>T splice site varyant (rs165932)] dizi varyantı; PSEN2 geninde 9 hastada 3 ekzonik [c.69T>C p.Ala23Ala sinonim varyant (rs11405), c.129C>T p.Asn43Asn sinonim varyant (rs6759), c.861C>T p.Pro287Pro sinonim varyant (rs75733498)] ve 1’i novel 4 intronik [c.357-14G>A, c.-43C>T 5 prime UTR varyant (rs7961), c.357-31G>A splice site varyant (rs192142511) ve c.142-29T>C splice site varyant (rs1295644)] dizi varyantı ve TREM2 geninde 1 hastada 1 ekzonik (c.113A>G p.Tyr38Cys) novel değişim olmak üzere toplam 12 farklı dizi varyantı saptanmıştır. Ekzonik değişimler için UMD Predictor, intronik değişimler için HSF web tabanlı mutasyon tarama programları ile analiz sonrasında PSEN1 ve TREM2 genlerinde belirlenen ekzonik değişimlerin sırasıyla %93, %75, %100 ve %84 oranlarında patojeniteye sahip olduğu belirlenmiştir. PSEN1 geninde belirlenen intronik değişimin ESS site broken, PSEN2 geninde belirlenen c.357-31G>A değişiminin yeni acceptor site ve ESE site sinyaline neden olarak splice mekanizmasına etki edebileceği bulunmuştur. Çalışmamızın bir sonraki adımında elde edilen DNA dizi analizi bulguları ile ilgili hastaların klinik özellikleri birlikte değerlendirilecek ve özellikle patojenik etkiye sahip novel değişimlerin olası klinik anlamları araştırılacaktır.

Familial (early- onset) Alzheimer’s Disease (EOAD), characterized by mostly autosomal dominant inheritance, affects the individuals with family history before 60 years old. EOAD caused by mutations in PSEN1, PSEN2 and more recently TREM2 genes. Studies on clinical aspects of the mutations are ongoing. In the present study, heteroduplex and sequence analysis of PSEN1, PSEN2 and TREM2 were evaluated in genomic DNA samples isolated from peripheral blood of 47 EOAD patients. Twelve different sequence variants were detected: 3 exonic, including 2 novel [c.821C>A p.Thr274Lys, c.1091T>C p.Leu364Pro, c.548G>T p.Gly183Val missense variant] and one intronic [c.868+16 G>T splice site variant] in PSEN1 of 4 different patients, 3 exonic [c.69T>C p.Ala23Ala (rs11405), c.129C>T p.Asn43Asn (rs6759), c.861C>T p.Pro287Pro synonymous variants] and 4 intronic, including one novel [c.357-14G>A, c.- 43C>T 5 prime UTR variant (rs7961), c.357-31G>A and c.142-29T>C splice site variants] in PSEN2 of 9 different patients and one novel exonic variant (c.113A>G p.Tyr38Cys) in TREM2 of one patient. After analysis with web- based mutation screening programs, UMD Predictor and HSF, exonic variations in PSEN1 and TREM2 were determined to have pathogenicity with the ratios of 93%, 75%, 100% and 84%, respectively. The intronic variation identified in PSEN1 and c.357-31G>A variant in PSEN2 could have potential for alteration of splicing by generating ESS site broken and new acceptor site- new ESE site signal. In the next step of our work, sequence analysis results and clinical characteristics of patients will be evaluated together and possible clinical implications of variants with pathogenicity, especially novel ones, will be investigated.