Akademik Veri Yönetim Sistemi
Altun S. (Yürütücü), Özakın- C. Ö., Duman M., Satıcıoğlu İ. B., Tüzemen N. Ü., Yılmaz S., et al.
TÜBİTAK Projesi, 2022 - 2025
Bakteriyel hastalıklarının tedavisinde
kullanılan ve mikro kirletici olarak kabul edilen antimikrobiyaller; sucul
organizmalarda toksik etkiler oluşturabilmekte ve akuatik mikrobiyotada yer
alan bakterilerde direnç gelişimine neden olabilmektedir. Antimikrobiyal direnç
(AMR) gelişmesi durumda hastalıkların tedavisi için daha yüksek dozda antimikrobiyal
kullanımı (AMK) gerekebilmekte veya farklı antimikrobiyal arayışlarına
gidilebilmektedir. Bilinçsiz ve yüksek dozda antimikrobiyal kullanılması ise
akuatik çevrede hem aktif kalıntı miktarının hem de antimikrobiyallere dirençli
bakteri populasyonunun artmasına sebep olmaktadır. Sürdürülebilir kültür balığı
üretimi için özellikle antimikrobiyal direnç gelişiminin sınırlandırılması,
enfeksiyoz bakteriyel hastalıklara yönelik koruyucu önlemlerin alınması ve
salgınların yayılımının önlenmesi gerekmektedir. Hastalıklarla mücadelede en
geçerli yöntem; salgınlar ortaya çıkmadan önce balıkların güvenilir aşılarla
bağışıklanmasıdır.
Önerilen projenin özgün değer (a), yöntem (b),
yönetim (c) ve yaygın etkisi (d);
i) Kültür
balıklarında yaygın olarak hastalığa
neden olan bakteriyel patojenler
(Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida, motil Aeromonas, Flavobacterium spp., Lactococcus
garvieae, Pseudomonas spp., Vagococcus
salmoninarum, V. anguillarum, Vibrio spp., Yersinia ruckeri) ve/veya
olası hastalık etkeni yeni bakteri türlerine yönelik olarak;
• Hızlı, güvenilir, ekonomik şekilde tür/alt tür
teşhisi yapılabilmesi için, MALDI-TOF
MS (Bruker, MBT 7854) tekniği konusunda uzman olan araştırmacılar
(c) ile protein spektrumlarının belirlenmesi (b),
• Alt tür düzeyinde %98-100 başarıyla teşhis
imkânı sağlayacak yerel veri kütüphanesi
oluşturulması (a, d),
ii)
Antimikrobiyallere karşı direnç gelişiminin izlenmesinde CLSI ve EUCAST’in
önerdiği bakteri türüne özgü normalize
edilmiş yorumlama (NRI) metotları
kullanılarak;
• Kültür balıklarında bakteriyel hastalıkların
tedavisinde kullanılan lisanslı antimikrobiyallerde, bakteri türüne özgü epidemiyolojik eşik (cut off; EcoFF) değerlerinin belirlenmesi ve belirlenen bu cut-off değerlerinın referans
alınmasıyla akılcı antimikrobiyal kullanımına olanak sağlanılması (a,b,d),
iii) Gökkusağı
alabalığı işletmesinden izole edilen Y. ruckeri, V. anguillarum ve L. garvieae izolatlarının;
1. Serotiplendirme (mikroaglütinasyon, ELİSA), genotiplendirme (dizi analizi), antijenik
(SDS-PAGE,
Westernblot) protein
tiplendirme, fenotipik (Jelatinaz, hemolizin,
proteaz üretimi, lipaz ve DNAaz) ve genotipik virulens özelliklerine göre aşı suşlarının ön seçiminin yapılması,
2. Ön seçimi yapılan aşı suşı adaylarının, tüm
genom sekans analizi ile virulens gen
ve antijenik proteinlerinin biyoimformatik verilerinin elde edilmesi
(a, b,c),
3. İn vivo virulens denemeleri yapılarak aşı
adayı suşların patojenitelerini belirlenmesi olarak üç aşamada elde edilen sonuçlar bir bütün olarak değerlendirilmesi
sonucunda aşı suşlarının tespit edilmesi,
iv) Bu aşı suşlarının kullanılması ile ülkemizde lisanslanma olasılığı yüksek olan
inaktif monovalan/polivalan banyo (immersiyon) ve enejksiyon
emülsiyon prototip aşı/aşılar geliştirilmesi (a, b)
• Aşılama sonrasında balıklarda
RT-qPCR ile immun gen ekspresyonları (EF-1α, β-actin, TLR-2, C3, IL1β, IgM, CD4-1, CD8a, IL-10, IL-8, IFNγ, IgT) ve aşıların saha etkinlikliklerinin belirlenmesi ile booster aşılama
programlarının oluşturulması (b, d),
• Gökkuşağı alabalığı işletmelerinde sürveyans
çalışmaları sonucunda işletmelerde görülen salgınların belirlenmesi ve
işletmelere özel aşılama programlarının
oluşturulması (a, d) olarak
dört ana başlıkta özetlenebilir.
Proje önerimizde, gökkuşağı işletmelerinde
hastalığa neden olan bakteriyel patojenlere yönelik güvenilir, ekonomik ve
hızlı teşhis ve akılcı antimikrobiyal kullanım yöntemlerinin kullanılması ile
antimikrobiyal direnç gelişiminin azaltılmasına katkı sağlanması ve bu doğrultuda koruyucu hekimlik
yöntemlerinin (aşı geliştirilmesi) geliştirilmesi amaçlanmıştır.
Bu amaçlar doğrultusunda projede; İki farklı gökkuşağı alabalığı işletmesi
(örneklemelerde yol ve iaşe
giderlerini karşılama desteği), GMP (iyi üretim uygulamaları) standartlarına haiz veteriner aşı üretim firması (hiperimmun tavşan serumu eldesi, prototip
aşı üretimi), Onsekiz
Mart Üniversitesi Deniz Bilimleri
Fakültesi (prototip aşıların laboratuvar etkinlik denemeleri), B.U.Ü. Tıp Fakülesi Tibbi Mikrobiyoloji AbD (MALDI TOF MS tekniği) ile iş birliği yapılarak;
• Bakteriyel balık patojenlerinin %98 -100 güven
aralığında hızlı teşhisinin yapılabilmesi,
Kültür balıklarında hastalığa neden olan
bakteriyel balık patojenlerinin epidemiyolojik eşik değerlerinin (cut-off)
belirlenmesi ile akılcı antimikrobiyal seçimine katkı sağlanması,
• Ülkemizde Gökkuşağı
alabalıklarında endemik bakteriyel hastalıklara karşı lisanslanma potansiyeli
yüksek olan etkili inaktif emülsiyon (banyo ve enjeksiyon) yerli monovalan ve
polivalan prototip aşıların
geliştirilmesi hedeflenmiştir.