Analysis of the effects of stress activated protein kinases on the ribosomal frameshift rate in EST3 gene


Thesis Type: Postgraduate

Institution Of The Thesis: Bursa Uludağ University, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Turkey

Approval Date: 2018

Thesis Language: Turkish

Student: SÜEDA SARICA

Supervisor: Sezai Türkel

Abstract:

Telomerler kromozom uçlarında tekrarlı DNA dizileri olup genom bütünlüğünün korunması için gereklidirler. Telomerik DNA bölgeleri normal replikasyon mekanizması ile çoğaltılmaz. Telomer replikasyonları özel bir enzim kompleksi olan "Telomeraz" enzimi ile sağlanır. S. cerevisiae'da telomeraz kompleksi Est1p, Est2p ve Est3p peptidleri ve özelleşmiş bir çeşit kalıp RNA olan TLC1 RNA'sından oluşur. Çeşitli stress faktörlerinin telomeraz enzim aktivitesini ve telomer uzunluklarını etkilediği bilinmektedir. Stres oluşturan ajanlar bütün canlılarda hücre içi dengeyi bozmaktadır. Bu çalışmada çeşitli stres faktörlerinin EST3 mRNAsında oluşan +1 PRF oranına etkileri incelenmiştir. Gcn2p kinazını aktive eden amino asit açlığının EST3'de PRF oranını yaklaşık 2 kat aktive ettiği ve bu aktivasyonun da Gcn2p kompleksine bağlı olduğu gösterilmiştir. Bu aktivasyonda Gcn kompleksinin alt birimleri olan Gcn1p ve Gcn20p'nin daha etkin olduğu görülmektedir. Çalışmamızda Hog1p kinaz ile etki eden ozmotik stresin de EST3'de PRF'i yaklaşık 2 kat aktive etiği gösterilmiştir. S. cerevisiae hücrelerine ozmotik stres uygulanması ile EST3'de PRF'in 2 kat artış gösterdiği ve bu aktivasyonunda tamamen hücredeki Hog1p kinaza bağlı olduğu bulunmuştur. Bu sonuçlara ek olarak araştırmalarımız glukoz kısıtlamasının da EST3'de PRF'i önemli oranda kısıtladığını göstermiştir. Maya hücrelerinin fermente edilemeyen karbon kaynağı olan gliserol laktat ortamında üretilmesi ile EST3'de PRF'in 5-6 kat azaldığı görülmüştür. Sonuçlarımız glukoz kısıtlamasının EST3'de PRF oranını Snf1p kinaz ile kontrol ettiğini göstermiştir. Bu araştırmada elde edilen sonuçlar EST3'de PRF oranı veya etkinliğinin S. cerevisiae'da etkin bir şekilde SAPK'lar ile kontrol edildiğini göstermektedir.