Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Bursa Uludağ Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ECEM BUSE YILMAZ
Danışman: Dilek Pirim
Özet:Son zamanlarda yapılan çalışmalarda dünyada en çok ölümle sonuçlanan ve tedavisi olmayan Alzheimer Hastalığı ve kanser arasında bir bağlantı kurulmuş fakat ortak mekanizma yeterince araştırılmamıştır. Kanser ve nörodejenerasyon arasındaki bağlantıda, MAPK/ERK, Wnt ve PI3K/Akt/mTOR sinyal yolağı dahil olmak üzere çeşitli biyolojik yolaklar ve ortak genlerin rol oynadığı bilinmekle beraber iki hastalıkla ilişkili ortak biyolojik süreçlerin ve moleküler belirteçlerin tespiti yeni translasyonel yaklaşımlar oluşturmak önemlidir. Bu çalışmada AH ve 4 kanser türü (meme, kolorektal, küçük hücre dışı akciğer kanseri, prostat) arasındaki ilişki mikroarray verileri biyoinformatik araçlarla analiz edilerek kapsamlı bir şekilde araştırılmış ve etkin olması muhtemel ortak moleküler yolakları ve ortak diferansiyel olarak ifade olan genlerin (DEG) aydınlatılması amaçlanmıştır. Mikroarray veri setleri NCBI-GEO veritabanında belirli kriterlere göre seçilerek, GEO2R platformunda R yazılımı kullanılarak analiz edildi. Ortak DEG’ler tespit edilerek NetworkAnalyst ile AH ve her kanser türü için ayrı ortak yolakların, biyolojik süreçlerin ve moleküler fonksiyonların zenginleştirilmesi yapıldı. Network görselleştirmesi ve hub genlerin belirlenmesi Cytoscape uygulaması ile gerçekleştirildi. Analiz sonucunda 4 kanser türü ve AH için ortak istatiksel olarak anlamlı birçok yolak belirlendi. Bununla beraber AH-meme kanseri için “EGFR”, AH-kolorektal kanser için “SOX9”, AH-akciğer kanseri için “THBS1” ve AH-prostat kanseri için “VEGFA” genleri network analizinde en anlamlı hub genler olarak belirlenmekle beraber CEBPD, DCN, DST, FHL1, SLIT3 genleri 5 veri setinde de ortak DEG olarak tespit edildi. Sonuçlarımız AH ve kanser arasındaki ilişkiyi aydınlatıcı ve ilaç yeniden konumlandırma, geliştirme ve risk değerlendirme amaçlı tasarlanabilecek deneysel çalışmalar için umut verici in siliko kanıtlar sunmuştur.