Ortam şartlarının Ty2 retrotranspozunu transkripsiyonuna ve frameshift oranına etkilerinin analizi


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Bursa Uludağ Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, Biyoloji , Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2003

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ÖZGÜR BAYRAM

Danışman: Sezai Türkel

Özet:

Ty2 retrotranspozonu S.cerevisiae genomunda bulunan ve RNA aracılığı ile genomda bir bölgeden başka bir bölgeye hareket eden beş grup Ty LTR elementinden birisidir. Ty2 retrotranspozonu çok sayıda düzenleyici element içeren yoğun bir promotor yapışma sahip olup hücre içerisindeki bir çok metabolik dalgalanmalara karşı transkripsiyon seviyesinde dengeleme yapma yeteneğine sahiptir. Bu yüzden, mayanın içinde bulunduğu ortam şartlan, aynı zamanda Ty2 retroelementinin transkripsiyonel düzenlenmesinde önemli role sahiptir. Ty2 retroelementi retroviral GAG ve POL homologu, TYA ve TYB genlerine sahiptir. Bunlardan POL homologu, TYB translasyon sırasında TYA:TYB füzyon peptidi halinde Translasyonal Frameshift olarak adlandırılan bir mekanizma ile sentezlenir. Frameshift olayı translasyonda % 26 lık bir oranla gerçekleşir ve bu oran Ty2 retrotranspozonunun yaşamında hayati öneme sahiptir. Bu oranda herhangi bir sapma Ty2’nin yaşam döngüsünü negatif olarak etkiler. Bu araştırmada, Ty2 elementinin, büyüme safhalarına ve karbon kaynağındaki değişimlere göre, transkripsiyon ve frameshift oranındaki değişiklikleri incelendi. Buna ek olarak karbon kaynağındaki değişime yanıt olarak tor İL , sip-4L ve cat-8L mutantlarında Ty2 elementinin transkripsiyon ve frameshift oranının seviyesi incelendi. Çalışmalarda Ty2 transkripsiyonu ve frameshift oranının, durağan safha dışında büyümeye paralellik gösterdiği gözlendi. Karbon kaynağındaki değişime yanıt olarak sip-4L ve cat-8L mutantlarında yaban tipe kıyasla transkripsiyon seviyesinde önemli bir farklılık gözlenmezken, tor İL mutantında fermente edilebilen karbon kaynağından, fermente edilemeyen karbon kaynağına aktarıldığında, frameshift oranının yaban tip hücrelerde görülenden % 50 daha düşük seviyede kaldığı belirlendi.